Idea stworzenia regionalnego muzeum w Rypinie powstała na początku lat sześćdziesiątych. Była reakcją społeczeństwa świadomego swych korzeni i tożsamości, rozentuzjazmowanego przygotowaniami do obchodów Tysiąclecia Państwa Polskiego.
Olbrzymie znaczenie w wyborze siedziby dla muzeum miała historia budynku. Obiekt zajmowany przez muzeum początkami swymi sięga 1895 roku, kiedy został oddany do użytku jako budynek administracji rosyjskiej. W latach I wojny światowej służył jako lazaret. Natomiast po odzyskaniu niepodległości przekazano budynek Policji Państwowej. Najczarniejszy okres w historii budynku przypada na jesień 1939 roku, gdy okupant hitlerowski posadowił w budynku Gestapo i Selbstschutz. Piwnice „Domu Kaźni” stały się miejscem męczeńskiej śmierci ziemian, inteligencji, księży, chłopów i Żydów – razem około 2000 osób.
Dramat jaki rozegrał się w „Piwnicach Domu Kaźni” – nazwanego tak już po wojnie – stał się determinantem do upamiętnienia tego miejsca. Działania Edwarda Koźmińskiego, Romana Piotrowskiego i członków Towarzystwa Miłośników Ziemi Rypińskiej doprowadziły 8 maja 1968 roku do utworzenia Regionalnej Izby Pamięci Narodowej – prezentującej dwie ekspozycje martyrologiczną i archeologiczną.
Olbrzymie zainteresowanie Izbą Pamięci zaowocowało w 1975 roku przekazaniem dodatkowych sal na parterze budynku pod ekspozycje muzealne. Następnie, w 1976 roku Wydział Kultury i Sztuki Urzędu Wojewódzkiego oraz Muzeum Ziemi Kujawskiej i Dobrzyńskiej we Włocławku zagwarantowały poparcie i pomoc przy realizacji powołania Muzeum Ziemi Dobrzyńskiej w Rypinie. Po czterech latach remontu 22 lipca 1980 roku uruchomiono Muzeum Ziemi Dobrzyńskiej jako filię muzeum z Włocławka.
W okresie od 1980 do 2002 roku muzeum prowadziło szeroko zakrojoną działalność merytoryczną, na którą składały się liczne wystawy, sympozja naukowe, konferencje. Muzeum Ziemi Dobrzyńskiej prowadziło wówczas działalność wydawniczą, na co dowodem są publikacje wysoko oceniane w kręgach naukowych. Z działalności oświatowej warto wspomnieć setki lekcji muzealnych, spotkań z młodzieżą, kołami zainteresowań. Ze względu na potrzebę przeprowadzenia gruntownego remontu zawieszono działalność merytoryczną na lata 2002-2007.
Muzeum Ziemi Dobrzyńskiej po modernizacji finansowanej z budżetu państwa, programu ZPORR i budżetu miasta uruchomiono 14 kwietnia 2007 roku. Od tej pory w nowych warunkach lokalowych muzeum generuje zdecydowanie bogatszą ofertę kulturalną. Wpływa to zdecydowanie na frekwencję, która po 5 miesiącach działalności sięgnęła ponad 4500 zwiedzających. W tym czasie zorganizowano ponad 15 przedsięwzięć kulturalnych, na co składały się wystawy czasowe, uruchomienie wystaw stałych, pokazy multimedialne, lekcje muzealne, referaty i odczyty, oraz dwie duże imprezy plenerowe – Jarmark Rypiński i Festyn Rycerski na Zamku w Radzikach. Ponadto muzeum w Rypinie aktualnie przejęło opiekę nad Stowarzyszeniem Twórców Nieprofesjonalnych Powiatu Rypińskiego.